《辦法》規定，登記檔案管理堅持統一標準、分級管理、集中保管原則。市場監管總局主管全國登記檔案管理工作，制定登記檔案管理制度，推進登記檔案管理標準化、規范化，指導地方登記機關依法有序開展登記檔案管理工作；縣級以上登記機關負責本級登記檔案管理工作，依法履行登記檔案管理職責；各級檔案主管部門依法對登記檔案工作進行監督、指導和檢查。
《辦法》明確經營主體存續期間，登記檔案應當持續保存，經營主體注銷后，登記檔案保管期限一般為20年，登記機關應當定期對保管期限屆滿的登記檔案的保存價值進行鑒定，決定予以銷毀或者移交給同級國家綜合檔案館永久保存。
《辦法》擴大登記檔案查詢主體范圍，新增經營主體有效登記在冊的相關人員、公證、仲裁、司法鑒定等機構、破產管理人，并明確各類主體申請查詢時需要提供的材料。鼓勵登記機關加快推進登記檔案電子化，提供互聯網自助查詢、下載服務。
推動登記檔案信息資源跨區域 跨部門共享
《經營主體登記檔案管理辦法》還完善了登記檔案遷移管理制度，便利經營主體跨區域遷移。
《經營主體登記檔案管理辦法》指出，市場監督管理總局應當推進登記檔案信息資源共享一體化服務平臺建設，推動登記檔案信息資源跨區域、跨部門共享利用。各級登記機關應當加強登記檔案管理信息化建設，以統一社會信用代碼為索引，推動登記檔案電子化、影像化，保障電子登記檔案、紙質登記檔案數字化副本的安全保存和有效利用。
《辦法》要求，登記機關應當持續優化登記檔案遷移程序，加快登記檔案遷移數據共享、信息聯通，推行登記檔案遷移網上辦理。《辦法》明確，遷入地登記機關可以通過網絡調閱登記檔案的，遷移期間經營主體可以直接在遷入地登記機關辦理登記業務。
此外，《辦法》強調，經營主體向遷入地登記機關申請辦理變更登記、遷入登記檔案，無需在遷出地重復提出申請。遷入地、遷出地登記機關要做好對接和檔案移轉，不得限制、妨礙登記檔案遷移。
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